La FRSEL est gérée par une Assemblée Générale et un organe d’administration. Chaque province se structure autour d’une « Assemblée Provinciale » qui réunit les délégués des écoles. Elles organisent les activités et disposent d’un secrétariat qui est placé sous la direction du Directeur Provincial. Le secrétariat fédéral coordonne les activités inter-provinciales (francophones) et internationales, ainsi que les dossiers communs (subventions, personnel, assurances, partenaires)